A muralha que cerca o Colégio Takahara sofre um ataque desconhecido e acaba cedendo. Nesse meio-tempo, a diretora planeja um transplante de cérebro e ataca Tokio e seu bebê. Enquanto isso, Maru e Kiriko deixam o centro de Ibaraki, mas são perseguidos por membros do Ministério da reconstrução. A dupla, que segue com o Kurokomaru número 11 para outro destino, está diante de um novo perigo. E assim, os dois mundos do Colégio Takahara começam a se conectar.